納稅義務人於辦理綜合所得稅結算申報，應確認申報程序是否完成，以免因未完成申報程序，遭國稅局以未申報補稅及處罰。
【舉例說明】甲君、配偶及其受扶養親屬106年度有利息及薪資所得合計1,651,761元，已超過當年度規定免稅額及標準扣除額之合計數，未辦理綜合所得稅結算申報，經該局查獲，以標準扣除額方式核定補稅及處罰。甲君不服，主張其及配偶主要所得來源為薪資所得，數年來皆按月扣繳，完全有不申報逃漏稅之理由，請免予處罰云云。因甲君未能提示已辦理結算申報事證，復查決定駁回。
納稅義務人未依所得稅法第71條規定辦理結算申報(含未完成結算申報程序)，經稽徵機關核定後，不適用列舉扣除額之規定，請完成申報程序，取具收執聯及相關證明文件，若透過網際網路辦理結算申報，應注意確實完成上傳程序，並列印有「檔案編號」之收執聯，以維護自身權益。如於綜合所得稅結算申報期間結束後，始察覺未完成申報手續，請儘速辦理補報補繳稅款事宜，若屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第48條之1規定，免予處罰。