時有發現營業人之總機構及分支機構相互誤用或借用統一發票之情事，依據加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第47條第2款規定，將統一發票轉供他人使用，除通知限期改正或補辦外，得處新臺幣(下同)3千元以上3萬元以下罰鍰；屆期仍未改正或補辦者，得按次處罰，並得停止其營業。
營業人之總機構及其他固定營業場所，應於開始營業前，分別向主管稽徵機關申請稅籍登記，經核定使用統一發票者，應使用其各自購買之統一發票或稽徵機關配賦之統一發票字軌號碼，如經查得有互換或借用情事者，得依營業稅法第47條第2款規定連續處罰，並得停止其營業；惟考量此類案件多導因於作業疏失，依稅務違章案件減免處罰標準第16條之2及第24條第1款規定，營業人於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，已自動向稽徵機關報備實際使用情形者，免予處罰，但一年內有相同違章事實3次以上者，不適用免予處罰之規定。
【舉例說明】甲公司誤將統一發票轉供其分公司使用，就其是否於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，已自動向稽徵機關報備實際使用情形，依稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表規定，分述處罰情形如下：
(一)已自動報備：一年內經第1次及第2次查獲，免予處罰；第3次以上者，處3,000元罰鍰。
(二)未自動報備：一年經第1次查獲，處3,000元罰鍰；第2次以上，處6,000元罰鍰。
該局呼籲，營業人總分支機構間不得將統一發票相互調借使用，如不慎誤用，應於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前自動向稽徵機關報備，以免受罰。