扣繳制度係為即時掌握稅收，達成租稅公平及稽徵經濟目的，責成扣繳義務人之作為義務，扣繳義務人於給付扣繳範圍之各類所得時，應依規定之扣繳率或扣繳辦法扣取稅款，應於每月10日前將上一月內所扣稅款向國庫繳清，並於次年一月底前辦理扣繳憑單申報相關事宜，扣繳義務人違反作為義務時，應按所得稅法第114條規定處罰。
【舉例說明】扣繳義務人甲君為乙雞排店負責人，亦即所得稅法第89條規定之扣繳義務人，該商號承租坐落臺北市信義區房屋作為營業使用，106年度給付租金，惟未依規定扣繳稅款，亦未申報扣繳憑單，經該局查得，因出租人已將租金併入當年度綜合所得申報繳稅，甲君雖可免予補繳應扣未扣之稅款，惟仍應依規定就其未申報扣繳憑單之違章行為處罰，該局以甲君所經營的乙雞排店為小規模營利事業，且甲君於責令補申報扣繳憑單期限內補報，乃按應扣未扣稅額處0.2倍罰鍰。
扣繳義務人於給付屬扣繳範圍之各類所得時，負有依規定扣取稅款向國庫繳清，並將扣繳憑單彙報稽徵機關之義務，此義務尚不因稽徵機關未通知或因扣繳義務人不知而得免除。又為避免扣繳義務人不清楚扣繳相關規定，該局於核准營業人申請營業設立稅籍登記之核准函特別載明：「所得稅法第89條規定之扣繳義務人，於給付納稅義務人屬同法第88條規定之各類所得時，除因符合同法第4條各款規定免納所得稅者外，應依規定辦理扣繳稅款之繳納及扣繳憑單之申報。」以提醒扣繳義務人應注意相關之扣繳義務。
民眾設立商號並擔任負責人，即成為法令規定之扣繳義務人，應注意相關法令賦予之扣繳義務並加以遵循，以免受罰。