為推動綜合所得稅捐贈扣除額單據電子化作業，全國各機關團體於每年2月上傳上一年度接受捐款資料，截至108年1月有財團法人中華民國佛教慈濟慈善事業基金會、財團法人台灣兒童暨家庭扶助基金會及台灣世界展望會等共1,131家機關團體加入，並於108年2月上傳2,174,829筆107年度之捐贈資料，以提供民眾於綜合所得稅申報期間查詢其捐贈扣除額資料作為報稅參考；或是利用報稅軟體自動帶入捐贈扣除額資料，簡化報稅流程。
尚未加入受贈單據電子化作業之機關團體，可至「財政部北區國稅局/政府資訊公開/出版品/宣導資訊/綜合所得稅/其他」下載相關申請書表，並自每年3月起至隔年1月15日止，向該局申請受贈單據上傳權限，經財政部核准並設定好相關基本資料，即可在每年2月，於財政部電子申報繳稅服務網站(https://tax.nat.gov.tw)扣除額電子資料交換項目下載及安裝扣除額電子資料交換系統(IDX)，並使用工商憑證、機關憑證或簡化認證等方式上傳上一年度受贈資料。
機關團體於申報期限內若發現申報資料錯誤，可於2月上傳期間透過網路重新上傳，但第2次以後申報上傳資料將覆蓋前次申報資料，請務必先確認上傳資料包含前次申報成功之完整資料，並審核無誤後再重新上傳，以免申報資料錯誤，造成民眾報稅之困擾。