教育文化公益慈善機關或團體之基金及各項收入之存放及運用，如不符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第5款規定，則其本身之所得及其附屬作業組織之所得，不得免納所得稅。
教育、文化、公益、慈善機關或團體之所得若要免納所得稅，必須符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項各款之規定，其中有關基金及各項收入之運用應依同條項第5款規定，除零用金外，均應存放於金融機構，或購買公債 、公司債、金融債券、國庫券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或票券金融公司保證發行之商業本票、上市、上櫃公司股票或國內證券投資信託公司發行的受益憑證，或運用於其他經主管機關核准的項目。但由營利事業捐助之基金，得部分投資該捐贈事業之股票，其比率由財政部定之。
某財團法人基金會105年度結算申報案件時，發現該基金會運用基金及各項收入投資於依外國法令募集與發行之境外基金，因不符前揭免納所得稅適用標準第2條第1項第5款規定，遭否准免稅。
教育文化公益慈善機關或團體，其基金及各項收入之運用應符合前揭免納所得稅適用標準之規定，以免因不符規定而無法免納所得稅。