營利事業欲享受盈虧互抵租稅優惠措施，要同時符合下列4個條件：1.公司組織、2.會計帳冊簿據完備、3.虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證、4.如期申報等要件，才可以依所得稅法第39條但書規定，將稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除，再行核課的優惠。
若公司有短漏報所得的情形，只要是非以詐術或不正當方法逃漏稅，且違章情節輕微者，仍可視為會計帳冊簿據完備，並適用盈虧互抵規定，至於所謂情節輕微，通常有下列3種情形：

一、經稽徵機關查獲短漏報者：經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%。
二、自動補報所漏稅額者：如未經檢舉、稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報並補繳所漏稅額，短漏所得稅稅額不超過20萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過10%。
三、未依規定取得「交易相對人」進項憑證：營利事業有實際進貨或費用有交易支出事實，卻因疏忽而未取得憑證或誤取得非實際交易對象所開立憑證，如已誠實入帳且在稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露；或未依規定取得「交易相對人」進項憑證的總金額不超過120萬元，或占同年進貨、費用及損失應自交易相對人取得憑證（含應取得而未取得憑證部分）總金額的比例未超過10%。

公司申報適用所得稅法第39條但書規定時，應注意適用要件，若有短漏報所得且屬上述非以詐術或不正當方法逃漏稅之違章情節輕微者，仍可適用盈虧互抵，以維自身權益。