依有限合夥法設立登記之有限合夥組織，只要符合會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，可比照公司組織之營利事業，適用所得稅法第39條第1項但書有關前10年虧損扣除之規定。
所得稅法第39條第1項但書規定，「公司組織」之營利事業，只要符合「會計帳冊簿據完備」、「虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證」及「如期申報營利事業所得稅」三項要件，得將經國稅局核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課；有限合夥組織雖然不是公司組織，但也具有法人人格，依規定需負擔納稅義務並享有分配盈餘的權利，所以依財政部108年5月16日台財稅字第10804535120號解釋令，也可以適用上述所得稅法第39條第1項但書有關前10年虧損扣除之規定。
特別提醒，有限合夥組織欲適用盈虧互抵優惠者，除了會計事項應據實依規定記載、虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證外，並應注意必須在申報期限內依法申報納稅，以免影響盈虧互抵優惠資格。