公司在適用以前年度虧損扣除時應注意適用要件，若虧損或申報扣除年度之進貨、費用及損失涉有未依規定取得憑證，以致不符合會計帳冊簿據完備條件者，則不得適用盈虧互抵。
依所得稅法第39條規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。有關會計帳冊簿據完備，係指公司依所得稅法、稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法、財政部對帳冊憑證有關解釋令、商業會計法及商業會計處理準則等規定，設置、取得、使用及保管足以正確計算營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄而言。若公司之成本費用欠缺記帳憑證，或未依規定取得憑證，不得適用所得稅法第39條規定將前10年內各期虧損自本年純益額中扣除。
進一步說明，依財政部101年1月30日台財稅字第10000457660號令規定，公司經稽徵機關查得應自交易相對人取得憑證而未取得，但當年度進貨、費用及損失依帳簿憑證相關法令規定應自交易相對人取得憑證而未取得之總金額不超過新臺幣120萬元，或占同年度進貨、費用及損失依帳簿憑證相關法令規定應自交易相對人取得憑證(含應取得而未取得憑證部分)總金額之比例不超過10%者，視為情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定。
【舉例說明】
甲公司106年度進貨、費用或損失應自交易相對人取得憑證之總金額為2千萬元，當年度經稽徵機關查得未依規定取得憑證之金額為300萬元，占同年度進貨、費用及損失應取得憑證總金額比例達15%，已超過前述得視為情節輕微之限額（金額不超過120萬元或比例不超過10%），不符會計帳冊簿據完備之規定，無法適用盈虧互抵。
特別呼籲，公司應多加留意是否依規定取得及保存憑證，以免因不合規定，喪失盈虧互抵之資格，影響自身權益。