依稅捐稽徵法第34條第3項第1款之規定,經稅捐稽徵機關核定之案件,納稅義務人未依法申請復查者,即已確定。兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定 ,兼營營業人符合帳簿記載完備,能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者,得採用「直接扣抵法」,但經採用後3年內不得變更。兼營營業人若選擇採用「比例扣抵法」調整稅額,經稅捐稽徵機關核定後,未申請復查,即生確定效力,嗣後不得再申請改採「直接扣抵法」調整當期稅額。

【舉例說明】
甲公司為兼營營業人,103年1-12月應稅銷售額15餘萬元,免稅銷售額1,400餘萬元,於103年11-12月營業稅申報時,自行選擇採「比例扣抵法」計算進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例,申報累積留抵稅額4萬餘元,經該局按其申報數核定,並經確定在案。惟甲公司嗣後發現,改採「直接扣抵法」得申報累積留抵稅額198萬餘元,較為有利,依稅捐稽徵法第28條規定,以適用法令及計算錯誤為由,申請更正,經該局駁回其申請,仍表不服,提起訴願、行政訴訟亦遭最高行政法院判決駁回而告確定。

進一步指出,「比例扣抵法」及「直接扣抵法」均為計算免稅銷售額所對應進項稅額之法定方法,甲公司既作出選擇,並非適用法令錯誤或計算錯誤,且該案件經稅捐稽徵機關核定後,兼營營業人未申請復查,即生確定效力。因此,特別提醒兼營營業人,於申報時應慎選較有利之計算方式,以免自身權益受損。