依稅捐稽徵法第34條第3項第1款之規定，經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者，即已確定。兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定 ，兼營營業人符合帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用「直接扣抵法」，但經採用後3年內不得變更。兼營營業人若選擇採用「比例扣抵法」調整稅額，經稅捐稽徵機關核定後，未申請復查，即生確定效力，嗣後不得再申請改採「直接扣抵法」調整當期稅額。
【舉例說明】
甲公司為兼營營業人，103年1-12月應稅銷售額15餘萬元，免稅銷售額1,400餘萬元，於103年11-12月營業稅申報時，自行選擇採「比例扣抵法」計算進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例，申報累積留抵稅額4萬餘元，經該局按其申報數核定，並經確定在案。惟甲公司嗣後發現，改採「直接扣抵法」得申報累積留抵稅額198萬餘元，較為有利，依稅捐稽徵法第28條規定，以適用法令及計算錯誤為由，申請更正，經該局駁回其申請，仍表不服，提起訴願、行政訴訟亦遭最高行政法院判決駁回而告確定。
進一步指出，「比例扣抵法」及「直接扣抵法」均為計算免稅銷售額所對應進項稅額之法定方法，甲公司既作出選擇，並非適用法令錯誤或計算錯誤，且該案件經稅捐稽徵機關核定後，兼營營業人未申請復查，即生確定效力。因此，特別提醒兼營營業人，於申報時應慎選較有利之計算方式，以免自身權益受損。