營利事業辦理所得稅結算或決算申報，應依所得稅法規定正確計算課稅所得額，如有所得基本稅額條例第7條第1項各款規定停止課徵、免徵或免納營利事業所得稅之所得額，應依該條例相關規定計算、申報及繳納所得基本稅額。
【舉例說明】
甲公司106年度營利事業所得稅結算申報，委託會計師查核簽證並如期申報，列報全年所得額150萬元、停徵之證券交易所得450萬元、前10年核定虧損扣除額400萬元、課稅所得額負700萬元及基本稅額0元。依所得稅法第39條規定，符合規定要件之公司，得將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損自本年純益額中扣除，因此，公司必須當年度有純益才能列報虧損扣除額，甲公司106年度全年所得額150萬元減除停徵之證券交易所得450萬元，課稅所得為虧損300萬元，當年度並無純益，不得列報前10年核定虧損扣除額，惟甲公司未注意當年度已為虧損，誤將前10年核定虧損累計尚未扣除餘額400萬元列報扣除，致課稅虧損數虛增400萬元，經該局調整當年度列報之前10年核定虧損扣除金額為0元後，核定課稅所得額為負300萬元（全年所得額150萬元-停徵之證券交易所得450萬元），並依所得基本稅額條例規定計算課稅所得額加計停徵之證券交易所得後之基本所得額150萬元（課稅所得額-300萬元＋停徵之證券交易所得450萬元）及基本稅額12萬元〔(150萬元-50萬元)×稅率12%〕，補徵稅額12萬元(詳附表)。
特別呼籲，營利事業應依所得稅法規定，正確計算課稅所得額，並依據所得基本稅額條例規定計算、申報及繳納基本稅額，以免遭稽徵機關調整補稅，影響自身權益。