所得稅制優化方案自107年度起施行，營利事業於108年5月申報營利事業所得稅(以下簡稱營所稅)時應注意相關的變革及時程，包括合理調整營所稅稅率結構、獨資及合夥組織無須繳納營所稅及廢除兩稅合一部分設算扣抵制度。
相關稅制改革修正重點、效益及施行時程說明如下：
一、 合理調整營所稅稅率結構
(一) 營所稅稅率
1.自107年度起，營所稅稅率由17%調高為20%，惟課稅所得額50萬元以下之營利事業，分3年漸進式每年調高1%，即107年度稅率為18%、108年度稅率為19%、109年度及以後年度按20%稅率課稅，以減輕低獲利企業之稅負及提供調整適應期。
2.營所稅稅率之認定方法，係以當年度課稅所得額是否於50萬元以下為判斷基準，舉例說明詳附表。
(二) 未分配盈餘加徵營所稅稅率
1.自107年度起，營利事業未分配盈餘加徵營所稅稅率由10%調降為5%，適度減輕須藉保留盈餘累積自有穩定資金之企業所得稅稅負。
2.如甲公司為累積自有資金，盈餘均保留不分配，於109年5月辦理107年度未分配盈餘申報，始適用5%稅率加徵營所稅；108年5月辦理106年度未分配盈餘申報時，仍適用10%稅率加徵營所稅。
二、 獨資及合夥組織所得無須計算及繳納營所稅，直接歸課出資人綜所稅
(一) 自107年度起為簡化稅政，獨資及合夥事業無須計算及繳納營所稅，惟仍應辦理營所稅申報並核實計算營利事業所得額，以併計出資人綜合所得稅核課。
(二) 如逾期申報或未申報，仍應依所得稅法第108條加徵滯、怠報金；如短漏報所得額，仍應依同法第110條處罰。
(三) 以會計年度採曆年制之丙商號為例，108年5月應辦理107年度營所稅申報，惟無須計算及繳納營所稅。
三、 廢除兩稅合一部分設算扣抵制度
(一) 107年1月1日起，刪除營利事業設置股東可扣抵稅額帳戶、相關記載、計算、分配與罰則，大幅降低納稅義務人依從成本，並減少徵納雙方爭議，有助簡化稅制稅政，符合國際趨勢。
(二) 108年5月辦理107年度營所稅申報，無須申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細表。
特別提醒，營利事業於108年5月辦理107年度營所稅結算及106年度未分配盈餘申報時，應注意營所稅稅率為20%，但課稅所得額在50萬元以下者適用稅率為18%，未分配盈餘加徵營所稅稅率為10%，無須申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細表；另獨資合夥組織無須計算及繳納營所稅，惟仍應辦理營所稅申報。