今(108)年綜合所得稅申報期即將於5月1日展開，過去有些案例，納稅義務人雖如期在網路上完成報稅，卻在繳稅階段發生錯誤，導致事後被追繳稅款並加計滯納金及利息，故呼籲納稅義務人注意(點此查看)。
以綜合所得稅電子結算申報繳稅系統採網路申報繳稅者，可使用現金(票據)、自動櫃員機( ATM )繳稅，或以繳稅取款委託、信用卡、晶片金融卡或活期 (儲蓄)存款帳戶等轉帳繳稅方式。
進一步說明，納稅義務人採網路申報時，選擇現金(票據)或ATM繳稅者，需列印綜合所得稅結算稅額繳款書或ATM繳稅操作說明，並自行於結算申報截止日（108年5月31日）前至金融機構繳納(2萬元以下條碼繳款書可至便利商店繳納)或至ATM轉帳完成繳納，若遲繳或忘記繳納，依規定要加計滯納金及利息；另選用繳稅取款委託者，扣款失敗原因常為帳號填寫錯誤(含帳戶已結清或為靜止戶)、存款人身分證統一編號錯誤、存款不足致扣款不成功；又選用信用卡繳稅，依規定限以申報戶內之納稅義務人或配偶名義持有之信用卡（僅能使用1張信用卡並限授權1次）辦理，如重新授權，須於結算申報截止日（108年5月31日）前，在營業時間內向信用卡發卡機構申請取消授權，並於次一營業日透過網際網路查詢(https://paytax.nat.gov.tw)確認授權已取消後，再重新辦理授權；如選用晶片金融卡及活期(儲蓄)存款帳戶繳稅係立即扣款，較不易發生短(未)繳情事。
特別提醒，偶有納稅義務人於網路申報繳稅系統選擇以現金(票據)或ATM繳稅，卻填寫了「日後退稅帳戶欄位」，誤以為可由該帳戶委託取款而未如期繳納，導致事後被追繳稅款並加計滯納金及利息。現行網路申報繳稅系統已設有多處提醒訊息，請納稅義務人選擇繳稅方式時，務必小心填寫並多加注意提醒訊息，以免操作或填寫錯誤。