稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰之規定，係以未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查為要件，所以違章漏稅案件，如業經有權處理機關進行調查者，即無免罰規定之適用。
【舉例說明】
轄區Ａ公司申報107年1月至2月銷售額與營業稅額時，因帳務人員將B公司作廢之統一發票3紙，銷售額合計18,760,240元，營業稅額938,012元，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，已構成虛報進項稅額938,012元情事。本件因機關單位辦理營業人進銷憑證交查時發現A公司有申報異常情形，已於107年5月15日函請B公司提供相關資料進行調查，查得B公司因開立統一發票有誤植情形，業申報作廢並於同期重新開立，惟A公司卻仍予以申報重複扣抵。A公司雖於107年6月2日補繳稅款及辦理更正申報，但係在國稅局進 行調查(107年5月15日)之後，自不符合稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰之規定，該局仍依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第5款規定，按所漏稅額938,012元處以0.5倍罰鍰469,006元。Ａ公司嗣後以從未接獲國稅局調查通知且已自動補報補繳為由，提起行政救濟，申經復查、訴願均未獲變更，經臺北高等行政法院行政訴訟駁回確定在案。
特別呼籲，營業人於申報營業稅時，對依法不得申報之進銷項資料應仔細核對，避免因帳務人員疏忽誤報，遭國稅局處罰。