目前我國已與32個國家簽署全面性所得稅協定，營利事業如取得與我國簽署所得稅協定國家來源之所得，可向該等締約國申請依租稅協定免予課稅，或依租稅協定適用較低稅率，但如未提出申請適用租稅協定減免優惠致溢繳稅款，不得在我國申報扣抵。
依所得稅法規定，營利事業總機構在我國境內者，應就其境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅，但其來自境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵，惟扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。因此，營利事業取得與我國簽署所得稅協定國家來源的所得，亦應合併課徵營利事業所得稅及適用國外已納稅額扣抵，但依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵其因未申請適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。
【舉例說明】
印尼與我國已簽署所得稅協定，甲公司在印尼無固定營業場所，於104年度取得印尼公司給付其佣金收入1,500萬元及扣繳稅款300萬元，依所得稅法第124條規定，應優先適用臺印租稅協定，該佣金收入係甲公司於印尼提供服務、工作及活動相關之報酬，核屬臺印租稅協定第7條規範之營業利潤，甲公司應向印尼主張適用該協定第7條規定免稅並申請退還其溢繳稅額300萬元，尚不得主張扣抵該年度我國營利事業所得稅應納稅額。
特別呼籲，營利事業若有取自與我國簽署所得稅租稅協定國家的所得，可以向營利事業所在地稽徵機關申請居住者證明，憑向他方締約國申請依租稅協定免稅或適用較低的稅率，以維權益，若因未申請適用所得稅協定，致在所得來源國有溢繳稅款情形，該溢繳稅款不得在我國申報扣抵。