營業人在計算應納稅額時，營業稅進項稅額為應納稅額之減項，應由申報扣抵之營業人負舉證責任，如無法提供相關證明文件，將不得扣抵銷項稅額，並遭補稅處罰。
【舉例說明】
A公司取得B公司開立之統一發票計6張，銷售額合計2,150,186元，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經該局查核發現A公司並無向B公司進貨之事實，核定補徵營業稅額107,509元，並處罰鍰268,772元。A公司不服，提起行政救濟，主張確實有向B公司進貨及支付貨款，案經臺中高等行政法院判決駁回，判決中指出該公司固然提出資金流程相關事證，惟其交易過程之買賣合約、訂購單及簽收單等相關帳證，卻無法提供，難以認定上述進貨之交易屬實，判決駁回。
進一步說明，營業稅進項稅額屬於納稅義務人所得支配或掌握之課稅要件事實，納稅義務人應負有提供資料之協力義務，不論從證據掌控或利益歸屬之觀點，均應由申報扣抵之營業人負擔證明責任。特別提醒，營業人於進貨時，除應善盡保存相關資金流程事證供查核外，仍應保存交易過程之帳載資料及各項進銷貨憑證，或其他證明有進銷貨之相關資料，作為佐證，以免徵納雙方對交易事實產生爭議時，無相關文件佐證，導致不利之租稅負擔。