公司組職之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，要記得將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以該虧損餘額，自本年度純益額中扣除。

進一步說明，營利事業如果符合以下4項條件：
1.公司組織
2.會計帳冊簿據完備
3.虧損及申報扣除年度均經會計師查核簽證或使用藍色申報書
4.如期申報營利事業所得稅，就可適用所得稅法規定的盈虧互抵，也就是說可將經稽徵機關核定的前10年內各期虧損，自本年純益額扣除後，再行核課納稅。另鑑於營利事業投資收益依法不計入當年度所得課稅，投資損失仍得依法減除計算盈虧，故於計算前10年度核定虧損可扣除金額時，倘未將各該期投資收益先行抵減各該期之虧損，則將使該期可扣除虧損金額虛增，有違課稅公平原則。

【舉例說明】

查核甲公司105年度營利事業所得稅結算申報案，申報適用所得稅法第39條盈虧互抵規定，將101年度虧損6百萬元，申報自105年度全年所得額中扣除，經檢視甲公司虧損及申報扣除年度均為會計師查核簽證申報案件，且會計帳冊簿據完備，又均如期申報，惟查該公司101年度營利事業所得稅結算申報列報有取得免計入所得額之投資收益1百萬元，依規定應將該投資收益先行抵減101年度核定虧損數後，再以其虧損餘額5百萬元申報自105年度純益額中扣除。本案經重新核定後，除補徵稅額外，並自105年度結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅額之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。如要申報適用盈虧互抵時，應特別注意上述規定。