綜合所得稅納稅義務人於辦理結算申報時，若因夫妻已分居而無法合併辦理結算申報，應據實於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，以免遭稽徵機關認屬為規避累進稅率而按夫妻分開申報之漏稅案件補稅並處以罰鍰。
我國綜合所得稅係採夫妻合併申報制度，除納稅義務人與配偶在年度中結婚或離婚者，於辦理該年度綜合所得稅結算申報時，得選擇分別或合併申報；或夫妻分居，符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產制者、符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上，經法院裁定關於未成年子女權利義務之行使或負擔者，或依家庭暴力防制法規定取得通常保護令者，得各自辦理結算申報外，均應合併辦理結算申報。
除符合前揭夫妻得各自辦理結算申報規定者外，夫妻雙方均有所得時，得選擇各類所得合併計算稅額、薪資所得分開計算稅額或各類所得分開計算稅額之最有利之方式計算稅額，惟仍應合併辦理結算申報。倘夫妻尚不符合前揭各自辦理結算申報規定，因故分居而無法合併辦理結算申報者，應於結算申報書註明配偶姓名、身分證統一編號及分居字樣，否則涉有故意規避累進稅率短漏稅捐之嫌，經查獲後除補徵本稅外，亦將處以罰鍰。