依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，納稅義務人取得大陸地區來源所得，應併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅。但其在大陸地區已繳納之所得稅額，得自應納稅額中扣抵，惟不得超過因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
稽徵機關於結算申報期間提供納稅義務人查詢課稅年度所得資料之範圍，為扣繳義務人於法定期間內向稽徵機關申報之扣繳暨免扣繳憑單、股利憑單、緩課股票轉讓所得申報憑單、信託財產各類所得憑單及信託財產緩課股票轉讓所得憑單。大陸地區來源所得非屬稽徵機關提供查詢之所得資料範圍，納稅義務人如有大陸地區來源所得，應併入當年度綜合所得總額申報。
【舉例說明】
納稅義務人A君103年度綜合所得稅結算申報短漏大陸地區來源所得800餘萬元(含繳納大陸個人所得稅200萬元)，經核算其含大陸地區來源所得的應納稅額為360萬元，不含大陸地區來源所得之應納稅額為60萬元，因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額300萬元(360萬元-60萬元)，較在大陸地區已繳納所得稅額200萬元為高，故在大陸地區已繳納所得稅可全數扣抵。本案遭稽徵機關核定補徵應納稅額100萬元(300萬元-200萬元)，A君雖採用網路申報方式辦理該年度綜合所得稅結算申報，惟該漏報之大陸地區來源所得並非稽徵機關提供查詢之所得資料範圍，除補徵本稅外，另處以罰鍰。
特別呼籲，納稅義務人及其合併申報之配偶暨受扶養親屬，如發現有大陸地區來源所得漏未申報，在稽徵機關調查前，儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，向戶籍所在地稽徵機關自動補報繳所得稅，請民眾勿心存僥倖，以免被查獲補稅外，還要加處罰鍰，得不償失。