所得稅法第39條第1項已明定，以往年度之虧損，不得列入本年度計算，但公司組織之營利事業，符合會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得適用盈虧互抵。
所稱「公司組織」之營利事業，應適用公司法之規定，亦即依公司法第1條「以營利為目的，依公司法組織、登記、成立之社團法人。」或是第4條「以營利為目的，依照外國法律組織登記，並經中華民國政府認許，在中華民國境內營業之公司。」
【舉例說明】
國稅局查核發現A國外公司之在臺營業代理人，為A國外公司辦理99年度營利事業所得稅結算申報時，列報「前10年核定虧損本年度扣除額」5,600餘萬元，經認定其非屬前揭規定之公司組織，不符合虧損扣除規定，剔除該項扣除額後，除補徵稅額900萬餘元外，另依所得稅法第100條之2規定加計利息10萬餘元，一併徵收。
營利事業在列報相關扣除額時應特別注意依所得稅法規定辦理，以免事後遭調整補稅及加計利息。