自各國進行移轉訂價之查核後，因徵納雙方對於事實之認定、差異影響及調整之見解不同而發生爭議、造成爭訟，故訂有預先訂價協議之制度。同時為鼓勵營利事業簽署預先訂價協議，降低雙重課稅風險，財政部104年3月6日修正發布「營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則」部分條文，修正預先訂價協議申辦制度並增訂預備會議申請機制。

預先訂價協議申辦制度本次修正重點如下：
1.放寬營利事業申請資格：申請預先訂價協議之交易，由交易總額達新臺幣(下同)10億元以上或年度交易金額達5億元以上，放寬為交易總額達5億元以上或年度交易金額達2億元以上。

2.增訂預備會議申請機制：營利事業可於交易所涵蓋之第1個會計年度終了（亦即預先訂價協議申請期限）3個月前，提供下列資料：
(一)申請適用期間。
(二)集團全球組織架構。
(三) 企業主要經營項目。
(四)參與關係人及受控交易類型與功能和風險說明。
(五)申請預先訂價協議理由。
(六)其他需要說明情況等，並依規定格式提出預備會議申請，俟稽徵機關審視同意受理後，再進一步備妥移轉訂價報告等詳細資料提出正式申請，可降低營利事業申請成本，藉以提升營利事業申請意願。

特別呼籲，營利事業可透過徵納雙方簽署預先訂價協議，事先明確規範徵納雙方處理跨國企業移轉訂價行為，除可降低跨國企業稅負之不確定性外，並可減少徵納雙方查核移轉訂價之時間、人力及成本。