財政部於近日核釋，在我國境內無固定營業場所之外國營利事業委託國內自由港區事業代為從事貨物輸入、製造加工、儲存並交付與國內外客戶所產生之所得，除符合自由貿易港區設置管理條例第29條第1項規定免徵營利事業所得稅外，該自由港區事業應就其代理業務範圍內之所得依規定設置帳簿憑證，核實計算該外國營利事業之所得額，依規定代為申報繳納營利事業所得稅。自由港區事業如無法提示上開帳簿文據，稽徵機關得依該外國營利事業適用稅務行業標準代號之同業利潤標準，核定境內、外整段交易流程之總利潤，再依發生在我國境內之交易流程對總利潤之貢獻程度，計算其在我國之來源所得。
該部表示，考量實務上部分外國營利事業未能提供境內外完整帳簿資訊，致其在我國境內交易流程對總利潤之貢獻程度計算困難，為利自由港區事業代理外國營利事業計算申報繳納所得稅，得依下列規定計算在我國境內交易流程之貢獻程度：
一、在我國境內從事貨物輸入、儲存及交付之交易流程者，貢獻程度為12%。
二、在我國境內除從事貨物輸入、儲存及交付外，尚進行製造加工行為者，貢獻程度＝12%＋境內製造加工之成本費用／境內、外製造加工全部成本費用。但貢獻程度以不超過100%為限。
三、境內製造加工之成本費用，包括境內購買原物料與委託加工之相關成本費用；境內、外製造加工全部成本費用，以境內製造加工之成本費用及國外貨物之進口報單價格合計數認定。
財政部進一步說明，外國營利事業在我國境內從事貨物輸入、儲存及交付等「物流」交易階段，放寬不分行業別均得按12%計算境內利潤貢獻度，有助於鼓勵外國營利事業在我國自由港區從事物流轉運加值服務。外國營利事業在我國境內除執行「物流」階段外，倘再涵蓋「製造加工」階段，則以12%加上「製造加工」階段之成本費用貢獻率。該部表示，上開規定提供明確及簡化之計算方式，以利自由港區事業代理申報繳納所得稅，有助於提高外國營利事業至我國自由貿易港區投資之誘因。