為確認申報金融機構確實遵循「金融機構執行共同申報及盡職審查作業辦法」（下稱CRS辦法）之盡職審查及申報規定，確保申報資料完整度與正確性，俾依國際標準與資訊自動交換之應申報國進行稅務用途金融帳戶資訊交換，自110年12月起，將針對轄內申報金融機構執行109年度稅務用途金融帳戶資訊盡職審查及申報作業進行查核。
依據財政部110年5月25日修正發布CRS辦法第53條之1規定，稅捐稽徵機關為檢查金融機構執行CRS辦法所定盡職審查及申報情況，得要求金融機構提示相關書面資料、執行實地檢查，或通知到達指定辦公處所備詢。該局為確保申報資料完整度與正確性，並兼顧檢查作業有效性及申報金融機構遵循度，依風險發生可能性及影響程度，將遵循風險較高之申報金融機構列為檢查對象。
前揭檢查作業原則上係書面檢查，並視書面檢查結果評估是否進行實地檢查；經檢查有缺失者，將追蹤其缺失改正情形，未能確認已改正缺失者，得要求受檢機構責成內部稽核人員或委由會計師等獨立審查人員執行專案檢查，並審查評估是否通知受檢機構限期改正或移送裁罰。稅捐稽徵機關將於每年定期彙整前一年度檢查發現具重要制度面或具普遍性之檢查缺失，陳報財政部於網站發布，供申報金融機構自我檢視，並檢討其內部作業規範、風險管理或內部稽核制度，俾利遵循CRS辦法相關規定。
申報金融機構可預先自我檢視，有關檢查作業流程圖及問卷範本已置於網站（https://www.ntbt.gov.tw/主題專區/稅務專區/營利事業所得稅/反避稅制度專區)，請自行參閱。