政府為鼓勵營利事業積極投入研究發展，提升技術能力，達到產業創新目的，屢祭出投資抵減之租稅獎勵措施。營利事業從事研究發展支出，如欲申請適用投資抵減，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內（以曆年制為例：申請期限為2月1日至5月31日），檢附相關文件，向中央目的事業主管機關申請就其研究發展活動提供審查意見。
最近實務查核發現，營利事業申報適用研發投資抵減，因一時疏忽未依規定申請「專案認定」，而遭否准適用投資抵減，故特別指出，研究發展計畫中「專為研究發展購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用」、「專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用」、「與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展之支出」及「委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」等項目，尚需向中央目的事業主管機關申請「專案認定」，才可適用投資抵減租稅優惠。申請時間點，係與前述申請中央目的事業主管機關提供研發活動審查意見，併案提出「專案認定」之申請。
營利事業之研發投資抵減，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報結算申報書之租稅減免附冊，並檢附相關文件，由稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額，籲請營利事業留意相關規定，以維自身權益。