營業人因兼營免稅貨物或勞務於申報營業稅時，依兼營營業人營業稅額計算辦法規定，選擇按比例扣抵法或直接扣抵法計算得扣抵之進項稅額及應納或溢付營業稅額，惟其選擇採比例扣抵法後若要改採直接扣抵法，須留意提出時間。
95年12月21日修正發布之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定，賦予帳簿記載完備、能明確區分購買貨物或勞務實際用途（用於應稅或免稅貨物或勞務，依加值型或非加值型計算稅額）之兼營營業人除比例扣抵法外，亦得採用直接扣抵法之權利，以真實反映兼營營業人之進項稅額可扣抵銷項稅額之金額，俾使其稅負更趨公平合理。惟提醒兼營營業人原採比例扣抵法申報營業稅，嗣後認為其帳簿記載完備，能明確區分進項之實際用途而欲改採直接扣抵法者，應特別注意原申報之營業稅如經核課確定，即不得變更。

【舉例說明】甲公司為兼營應稅或免稅貨物之營業人，109年11至12月期營業稅申報，自行採比例扣抵法計算營業稅額，按申報數核定，並於110年7月13日依加值型及非加值型營業稅法第42條之1第3項規定，以公告方式代替核定稅額通知書之送達，該公司未於公告之次日起算30日（即110年8月12日）內，申請復查，核屬已確定之案件。甲公司事後於110年9月27日申請更正109年11至12月期營業稅，欲改採直接扣抵法計算營業稅額，因無適用法令錯誤或計算錯誤之情形且該期營業稅屬已核課確定案件，故不得變更計算方法。

已採用比例扣抵法計算營業稅額之兼營營業人如欲變更計算營業稅額之方法，應於該期營業稅核課確定前提出，以維權益。