考量企業永續經營及課稅能力之正確衡量，所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業，符合會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍免申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將前十年核定虧損，自本年度純益額中扣除後再行核課。
公司組織之營利事業如有短漏報所得情事，即難認屬會計帳冊簿據完備，惟申報扣除年度及虧損年度符合下列情形，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，屬短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用盈虧互抵：(一)申報扣除年度：經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%。(二)虧損年度：經稽徵機關查獲短漏之所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過10萬元或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例不超過5%。如短漏報所得已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報，其短漏報情節輕微之適用標準，依前揭金額或比例加倍計算。
【舉例說明】甲公司109年度營利事業所得稅結算申報案經會計師查核簽證，申報全年所得額1,400萬元，扣除前十年經核定符合所得稅法第39條規定虧損扣除額300萬元，申報課稅所得額為1,100萬元。嗣甲公司109年度營利事業所得稅經查獲短漏報課稅所得額60萬元，短漏稅額為12萬元(60萬元×20%)雖已超過10萬元，惟短漏報課稅所得額占全年所得額比例4.11％〔60萬元÷（1,400萬元+60萬元)〕不超過5%，符合前述短漏報情節輕微之標準，且虧損年度無短漏報所得情事，109年度仍得適用盈虧互抵之規定。
公司申報盈虧互抵時，應檢視是否符合相關規定，如發現有短漏報所得情事，請依稅捐稽徵法第48條之1規定在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動向所轄稽徵機關補報補繳並加計利息，除可避免遭受處罰外，其適用盈虧互抵之短漏報情節輕微標準，得加倍計算，請多加注意以維護自身權益。