為營造友善外資來臺投資之所得稅環境並強化企業國際競爭力，我國迄今已有33個全面性所得稅協定簽署生效，營利事業如取得源自租稅協定國來源所得，應留意租稅協定有無免予課稅或上限稅率規定，並依所得屬性優先向他方締約國申請適用相關規定，以免於所得來源國溢繳稅款，又不得扣抵我國應納稅額，導致重複課稅。
依據所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構，在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅，但可就所得來源國已繳納之所得稅於限額內予以扣抵，復依同法第124條規定，凡中華民國與其他國家所簽訂之所得稅協定中，另有特別規定者，依其規定。爰營利事業如取得源自租稅協定國來源所得，依所得稅協定屬他方締約國免予課稅或訂有上限稅率者，應優先向他方締約國申請適用所得稅協定規定減免稅額，惟若營利事業未申請適用所得稅協定而溢繳國外稅款，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，該溢繳國外稅款將不得扣抵我國應納營利事業所得稅。
【舉例說明】我國甲公司107年度營利事業所得稅申報其轉投資之印尼A公司所給付股利收入約新臺幣(下同)1,000萬元及依印尼稅法規定繳納所得稅額200萬元，惟我國與印尼已簽署租稅協定，依駐印尼臺北經濟貿易代表處與駐臺北印尼經濟貿易代表處避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定第10條第2項規定，股利取得者如為此項股利受益所有人，其課徵之稅額不得超過股利總額10%，即印尼僅得就上開股利收入依上限稅率10%課徵100萬元稅額，甲公司亦僅得就該稅額扣抵我國應納營利事業所得稅額，而甲公司未就該項股利收入向印尼稅捐稽徵機關申請適用租稅協定上限稅率規定，該溢繳之國外稅額，依前揭適用所得稅協定查核準則規定，不得扣抵我國應納營利事業所得稅，經該局剔除該部分之國外可扣抵稅額並核定補繳稅款100萬元。
營利事業取得源自租稅協定他方締約國來源所得時，應留意租稅協定有無免稅或上限稅率等優惠，若符合相關規定應優先向他方締約國申請適用，以維護自身權益。