藥局除銷售依醫師處方箋調劑藥品不課徵營業稅外，如銷售其他藥品、日常生活用品或育兒用品等貨物，仍應依法課徵營業稅。
依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務，應依法課徵營業稅。又同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，執行業務者提供其專業性勞務非屬營業稅課稅範圍；藥局銷售依醫師處方箋調劑藥品之調劑費及藥品收入，因屬主持藥師之執行業務所得，尚無課徵營業稅問題。惟藥局如兼營其他藥品、日常生活用品或育兒用品等貨物之銷售業務者，該銷售行為與一般營業人無異，應依法課徵營業稅。
【舉例說明】甲藥局原專營藥品調劑業務，尚無課徵營業稅問題，爰未辦理稅籍登記。嗣後該藥局因看好育兒商機，開始販售尿布、奶粉及包巾等育兒用品，卻未向稅捐稽徵機關辦理稅籍登記及報繳營業稅。經稅捐稽徵機關查獲後，除對該藥局補徵所漏營業稅外，並就其違章情事裁處罰鍰。
藥局如有兼營藥品調劑以外之銷售業務，而尚未辦理稅籍登記者，應即向所轄稅捐稽徵機關申請補辦，並依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳所漏營業稅及繳納利息，以免因違反規定而遭補稅處罰。