民眾到使用統一發票的藥局，如果是購買藥品、保健食品或其他生活用品等，可向藥局索取發票，如果是拿健保特約醫院或診所醫師開立的處方箋至藥局領藥，則無法索取發票。
藥局經營藥品調劑、供應業務之收入，也就是指藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入，係屬於藥師、藥劑生提供之專業性勞務，依加值型及非加值型營業稅法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，不屬於營業稅課稅範圍，國稅局會核定藥師、藥劑生之執行業務所得並課徵綜合所得稅，因此，民眾拿健保特約醫院或診所醫師開立的處方箋，前往使用統一發票的藥局領藥，藥局不用開立發票。但藥局銷售上述業務以外之其他藥品或生活保健用品等收入，則須開立發票並繳納營業稅，所以民眾如是自行到藥局購買一般成藥、保健食品或其他生活用品等，藥局應開立發票交付買受人。
甲藥師經營A藥局，發現甲君銀行帳戶有現金存入3,500餘萬元，與A藥局申報營業稅銷售額2,000餘萬元及國稅局核定甲君之執行業務收入只有500餘萬元，金額顯不相當，甲君後來坦承其帳戶存入款項，除部分為投資理財及依醫師處方調劑藥劑、供應藥品之收入外，計有400餘萬元為銷售一般成藥、指示用藥及奶粉、紙尿褲等日常生活用品收入，因民眾未主動索取發票，以致漏未開立發票並漏報銷售額。
民眾到使用統一發票的藥局拿藥時，如非屬依醫師處方箋領藥，而是自行購買藥品者，請主動積極索取發票。同時也請藥局注意，營業人只要未依規定開立發票，即有漏開發票之違章行為，不因買受人是否主動索取發票而有所不同；藥局如有醫師處方箋以外之藥品或其他用品銷售收入，因一時疏忽而漏未開立發票及漏報銷售額者，請儘速在未經檢舉及稽徵機關或財政部指定人員調查前，自動補報補繳所漏稅款，可免除罰鍰。