近來查獲多家營業人販售未經加工之生鮮農、林、漁、牧產物，實際營業額已超過稽徵機關查定之銷售額，因未依實際盈餘申報營利所得，涉有短漏報個人綜合所得總額，而遭補徵綜合所得稅情事。
【舉例說明】某小規模營業人於市場販售水果、鮮魚等，係屬銷售免徵營業稅貨物範疇，所收取之現金定期存入商號及負責人銀行帳戶，經該局扣除非屬營業收入金額後，查獲實際營業額大於原查定銷售額，因未能提示相關成本資料供核，且實際營業額已大於各該年度「營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點」之營業額標準以上，其全年所得額應按同業利潤標準淨利率核定，核定該營業人查核期間營利所得額計1,900萬餘元，並依各年度列入獨資資本主個人綜合所得總額，核估應補徵綜合所得稅500萬餘元。
小規模營業人仍應依實際營業額，按規定申報營利所得併入個人綜合所得總額計算課徵綜合所得稅，免遭一次補徵多年度稅款，增加營運風險。