109年度營利事業所得稅結算申報期間，自110年5月1日至同年5月31日截止，為協助納稅義務人順利完成申報，該局彙整109年度結算申報重點事項，提醒企業注意。
一、為落實節能減碳，109年度營利事業所得稅結算申報書表，屬營利事業依特定規定始須填報者，例如：租稅減免、關係人交易明細表、跨國企業集團成員揭露資料或其他申報書表附冊等，未納入訂本式申報書，倘營利事業需要使用上開申報書表，可至該局網站（https://www.ntbca.gov.tw）「主題專區/稅務專區/營利事業所得稅結算申報專區」下載表單，依式填寫後併同申報；使用網際網路申報者，營利事業所得稅電子結算申報系統（即網路申報軟體）仍提供各申報書表之建檔功能。
二、配合嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（以下稱紓困特別條例）之規定，申報書修正內容如下：
（一）為慰勉及獎勵防疫工作人員，並對營運困難之事業與相關從業人員提供協助，紓困特別條例第9條之1規定，受疫情影響而依該條例、傳染病防治法第53條或其他法律規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償（以下稱各項補助），免納所得稅。依財政部109年11月25日台財稅字第10904629980號令規定，營利事業或教育、文化、公益、慈善機關或團體取得上開各項補助，應列為取得年度之免稅收入，即於辦理所得稅結算申報時，自行依法調整減除該筆免稅收入，其必要成本及相關費用得核實認列。
（二）為提高機關(構)、事業單位、學校、法人、團體給付薪資誘因，並使其積極參與防疫，紓困特別條例第4條規定，給付員工請假期間之薪資，得就該薪資金額200%自申報當年度所得稅之所得額中減除。營利事業、機關或團體申請本項租稅措施，應於辦理所得稅結算申報時，依規定格式填寫營利事業申報書第A31頁、機關團體申報書第14頁，並檢附員工請防疫隔離假之假單或請假紀錄、薪資金額證明及各級衛生主管機關開立之居家隔離（檢疫）通知書、集中隔離（檢疫）證明或其他證明文件。
（三）營利事業受疫情影響，109年度營業收入淨額較前一年度減少達30%者，依財政部110年1月26日發布109年度營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點第15點規定，其適用擴大書面審核之純益率標準，得按80%計算，填寫申報書第1頁損益及稅額計算表請注意勾選「附註八」欄位。
三、配合107年2月7日修正公布所得稅法部分條文，營利事業所得稅稅率由17%調高為20%，但為減輕低獲利企業負擔，課稅所得額50萬元以下之營利事業，分3年逐年調高1%。自109年度起，營利事業所得稅一律按20%稅率課稅，為使營利事業、機關或團體正確計算應納稅額，申報書訂有稅率及速算公式供參考運用。
四、為協助企業強化研發能量，財政部於109年11月2日修正發布公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法部分條文，自109年度起，將全職研發人員參與研發專業知識之教育訓練費用，納入研發支出投資抵減適用範圍，鼓勵企業投入資源培訓研發人員，提升其研發技術或專業能力。公司申請適用租稅優惠，可以注意申報書第A15-2頁之新增支出欄位、附註及填寫說明。
五、為因應國際間移轉訂價發展趨勢及配合我國實務需求，財政部於109年12月28日修正發布營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則，增修無形資產及其他移轉訂價相關規範，自109年度結算申報案件適用。另外，為反映交易經濟實質、確保關係企業利潤符合常規並負擔合理稅負，依財政部108年11月15日台財稅字第10804629000號令規定，自109年度起，營利事業從事受控交易，符合要件並繳納相關稅捐（費），於會計年度結束前進行一次性移轉訂價調整者，應於申報書第B2頁揭露相關資訊，並檢附證明文件。
營利事業、機關或團體如有申報應退稅款，可以在申報書填寫「直接劃撥退稅同意書」，經核定後之退稅款項即可直接匯入帳戶，節省日後兌領退稅支票往返時間及成本。