稽徵機關針對營業稅退稅已建立一套完整的審理機制，除暫緩退稅案件外，國稅局皆會於受理營業人申報退還溢付營業稅，在法定申報屆滿日後30天內完成核退作業。
依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第35條規定，營業人除銷售依同法第7條規定適用零稅率貨物或勞物者申請以每月為一期外，餘應以2個月為一期，於次月、期開始15日內，填具營業稅申報書、檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。營業人申報之進項稅額若大於銷項稅額則為溢付營業稅額，該溢付稅額以正常存貨週期而言，可能係一時大批進貨，短時間內即銷售，為簡化手續，乃規定應予留抵供日後銷項稅額大於進項稅額當期應納之營業稅；但為鼓勵外銷及投資購買固定資產，於同法第39條第1項第1款及第2款規定，得申報退還其溢付之營業稅，並由主管稽徵機關查明後退還。
因營業稅申報退稅案件件數多且部分尚須檢附證明文件供核，為提升營業稅申報退稅審核效率，稽徵機關採分級審核作業，無異常案件以依申報數書面審核為主，顯著異常案件則作「暫緩退稅」註記後，由國稅局函請營業人提供帳證查明後，再行辦理退稅。經統計全國109年度營業人申報退還營業稅案件共有24萬多件，其中稽徵機關採書面審核於30天內退還之案件占99.5%；申報有異常之緩退案件僅占0.5%。舉例說明，甲公司109年09至10月期營業稅，於109年11月15日申報經海關出口之零稅率銷售額計1,000萬元，因稽徵機關會將營業稅申報之零稅率清單與海關提供之出口報單相關欄位勾稽，故經海關出口者得免附證明文件，經勾稽無誤後於109年12月14日即依申報數核定退還，又因該公司採直撥退稅，因此在109年12月15日前就可領到退稅款。
營業人有申報銷售營業稅法第7條規定適用零稅率之貨物或勞物，若要加速領到退稅款，可申請改以每月為一期，按月申報營業稅退稅款，並可多加利用金融機構帳戶辦理直撥退稅，稽徵機關會將退稅款直接退到其指定之金融機構帳戶，免除往返國稅局及持退稅支票向金融機構兌領等待時間，既安全又便利。欲申請「直撥退稅者」可以向營業地址所在地稽徵機關或至財政部稅務入口網之「稅務線上申辦」申請(路徑為https://www.etax.nat.gov.tw/線上服務/線上申辦/稅務線上申辦/營業稅/營業稅使用、異動、取消直接劃撥退稅同意書)，利用本事業(或機關團體)之存款帳戶辦理直撥退稅，而且只需填寫一次，不必逐年申請。