109年度營利事業所得稅結算申報期間為110年5月1日至5月31日，營利事業電子結（決）算申報系統及使用說明教學檔已置於財政部電子申報繳稅服務網站（網址：https://tax.nat.gov.tw）供下載，為避免申報人潮擁擠，請納稅義務人儘量利用網路傳輸辦理申報。
營利事業所得稅結算申報案件，屬會計項目特殊行業（如金融業及保險業）不適用網路或媒體方式申報；另特殊會計年度結算申報案件、逾期結算申報案件及連結稅制之母公司及各子公司申報案件，雖不適用網路申報，惟可採用媒體或書面方式辦理結算申報，其餘結算申報案件皆可採網路或媒體方式辦理。另110年度之決、清算案件，自110年5月1日起，可採網路方式辦理申報。
109年度營利事業所得稅結算採網路申報，有下列注意事項：
營利事業所得稅電子結（決）算申報系統，已將建檔、審核、申報書表列印功能及媒體申報檔審核作業（包括投資人明細媒申審核、股東股份轉讓媒申審核、設備或技術投抵媒申審核、公司員工取得獎酬員工股份基礎給付選擇延緩繳稅或緩課媒申審核、以技術或享有所有權之智慧財產權作價入股選擇延緩繳稅或緩課媒申審核）整合為單一系統，使用更為便利。
獨資、合夥組織以外營利事業之「營利事業投資人明細及 分配盈餘表」及「公司股東(獨資資本主、合夥人)股份(股票、出資額)轉讓通報表」具有單頁網路申報功能，惟申報媒體檔若因資料量過大，仍建議採原媒體申報方式申報。
營利事業應於會計年度終了後一年內送交國別報告及集團主檔報告，且全年度可透過網際網路傳輸，欲進行網路送交之營利事業，須先以工商憑證申請國別報告及集團主檔報告之專用帳號(帳號共同使用)，再以該專用帳號進行登入線上送交系統完成送交。
必要申報頁次為基本資料及申報書第1、2（獨資、合夥組織或適用產業創新條例第23條之1規定之營利事業除外）、3、4、8及9（外國分公司、外國辦事處及公寓大廈管理委員會除外）頁。公司組織、合作社、醫療社團法人及有限合夥組織，除新開業或適用產業創新條例第23條之1規定者之外，還必需有第10及11頁。
採附件上傳方式遞送附件資料者，於附件資料第1次上傳時，須有網路申報上傳成功後配賦收件編號並加蓋營利事業及負責人、代表人或管理人章之申報書附件資料封面；如為會計師簽證案件，須同時有經會計師簽章之該申報書附件資料封面及申報成功書表暨會計師簽證報告書，方可進行附件上傳。附件上傳前請仔細審視上傳檔案內容是否與附件類別相符及有無漏頁缺頁情形，以免影響營利事業權益，如為會計師簽證報告書檔案未上傳，將視同普通申報案件處理。
納稅義務人可於營利事業所得稅電子結（決）算申報系統或至財政部稅務入口網（網址：www.etax.nat.gov.tw），列印附條碼之繳款書，至各代收稅款金融機構以現金或票據繳納稅款，其應自行繳納稅額在新臺幣3萬元以下者，得至便利商店繳納稅款，並檢送（附）已繳納稅款之繳款書證明聯。亦可使用晶片金融卡、自動櫃員機繳稅或以營利事業於金融機構或郵政機構開立之活期存款帳戶，透過工商憑證IC卡作身分認證完成網路轉帳繳稅。
為擴大網路報稅服務範圍，已將教育、文化、公益、慈善機關或團體暨其附屬作業組織申報案件納入網路申報作業範圍。請營利事業、機關團體、會計師事務所、記帳士事務所、記帳及報稅代理人儘早上網申請法人報稅密碼，以利透過網際網路自行或代為辦理109年度營利事業所得稅結算及108年度未分配盈餘申報。