營利事業依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」（下稱紓困條例）第3條第3項規定，給付員工集中(居家)檢疫或隔離、員工為照顧生活不能自理之受隔離或檢疫家屬而請之防疫隔離假，或員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示(例如中央流行疫情指揮中心指揮官宣布高級中等以下學校延後至110年2月22日開學)而得請假期間之薪資，按同條例第4條規定，得就該薪資金額之200%，自當年度營利事業所得稅結算、決算或清算申報之所得額中減除。
依「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法」第4條規定，營利事業給付員工請假期間之薪資金額，應減除政府補助款部分，並以稅捐稽徵機關核定數為準。如已適用其他法律規定之租稅優惠，不得重複申請適用，且按前開規定得減除之金額，以減除當年度依所得稅法規定計算之所得額至零為限。另依紓困條例第9條之1規定自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，免納所得稅。前述加倍減除金額及自政府領取補貼適用免稅規定金額，不列為所得基本稅額條例第7條第1項第10款規定應加計營利事業基本所得額之項目。
營利事業應於辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報申報書及租稅減免附冊，並檢附員工請假紀錄文件、各級衛生主管機關開立之受隔離檢疫證明文件、薪資金額證明及薪資計算明細表等相關文件併同申報附件資料送件。