邇來有民眾不服國稅局寄發的綜合所得稅稅單，主張其向保險公司投保之醫療保險契約非屬實支實付，未以醫藥費收據申請保險理賠，應可列舉扣除醫藥費，向國稅局申請復查後，仍遭駁回。
所得稅法所定醫藥費列舉扣除額之立法意旨，係針對身體病痛接受治療而支付之醫藥費，因屬保障基本生活所需之費用，於計算綜合所得稅所得淨額時予以扣除，但醫藥費如已受保險給付弭平，就不可再列報為扣除額。因此，納稅義務人申報綜合所得稅列舉扣除醫藥費時，除需確認係屬醫療性質之費用，及符合所得稅法第17條規定之醫療院所外，應將醫藥費逐筆減除各險種之保險給付後，如仍有未獲理賠之醫藥費，才可以列報扣除。
大部分民眾都知道醫藥費受到保險給付，不可申報綜合所得稅列舉扣除，但卻常誤以為只限實支實付之保險理賠，最常發生爭議的是日額型保險及團體保險，因為這兩種保險僅須醫師診斷證明書，無須醫藥費收據，即可向保險公司申請理賠，以致於造成民眾誤解。例如，甲君在保險公司投保多筆日額型保單，108年度因癌症於醫院接受治療，住院長達46天，支付一筆住院醫療費用170,000元及一筆門診醫療費用80,000元，保險公司以甲君提供之醫師診斷證明書，理賠甲君住院醫療460,000元及門診醫療3,000元，所以甲君支付醫院之住院醫療費用以全額受有保險給付，不可申報綜合所得稅醫藥費扣除，僅可列報未獲保險理賠之門診醫藥費77,000元(80,000元-3,000元)，加計其他可列報之列舉扣除額後，再與標準扣除額擇一從高申報減除。