經財政部核准由總機構合併申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，其分支機構如有涉及加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第51條逃漏稅之違章情事，應由總機構所在地主管機關對該總機構予以補稅裁罰。
依營業稅法第35條及第38條第2項規定，經財政部核准由總機構合併申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，該總機構應合併總機構及所有其他固定營業場所銷售之貨物或勞務，向總機構所在地主管稽徵機關申報繳納營業稅。依此，經財政部核准由總機構合併申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，其分支機構如有涉及營業稅法第51條逃漏稅之違章情事，應由受理總機構申報之主管稽徵機關對該總機構予以補稅裁罰。
採營業稅分繳之營業人，總機構與其分之機構如有涉及違章情事，依財政部85年8月2日台財稅地851912894號函規定，以其實際發生違章行為之總機構或分之機構為違章主體，由該各主管機關辦理。