二代健保之實施，係為了提升保費負擔的公平性、強化量能負擔精神，俾使全民健保永續經營，因此全民健康補充保險費為納入計費項目之所得者所應繳納之費用。又所得稅法第14條關於營利所得部分並無扣除費用之規定，納稅義務人應據實依股利憑單所載之給付總額列報營利所得。
【舉例說明】納稅義務人甲君於107年間領取A公司股利200萬元，經該公司於發放股利時，依全民健康保險法規定扣取1.91%之全民健康補充保險費3萬餘元，實際發放196萬餘元，甲君於辦理107年度綜合所得稅結算申報時，僅列報取自A公司營利所得196萬餘元，依A公司實際發放並填發之股利憑單金額，核定營利所得200萬元，並補徵所得稅額7千6百餘元。甲君不服，主張3萬餘元係虛增之所得，未實際取得不應課稅，經復查結果，以全民健康補充保險費係保險對象應繳納之費用，由扣費義務人（即公司）依規定費率於給付時扣取並繳納予衛生福利部中央健康保險署。公司股東所查調之營利所得金額即為公司所申報之股利憑單金額，核無虛增所得情形，予以復查駁回。
個人繳納之全民健康保險保險費，不論是一般保險費或補充保險費，若採列舉扣除額時，均可於保險費扣除額項目中全數減除，不受金額限制，提醒民眾記得列報扣除。