營利事業受領政府核發之企業補助款，應列報取得年度收入，依所得稅法第24條規定，計算營利事業所得額課稅。但符合嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條之1規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，得免納所得稅。
依所得稅法第24條第1項規定，營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，營利事業接受政府補助獎勵之經費，除符合前述免納所得稅規定者外，應列入取得年度之收入，計算營利事業所得稅課稅。惟營利事業如係接受政府購建折舊性固定資產或增置擴充設備之專案計畫補助獎勵者，其所取得之補助款，則可按所購建固定資產或增置擴充設備計提折舊之耐用年數，分年平均認列收入。
【舉例說明】甲公司109年度取得政府給付獎勵研發補助款50萬元，另因受嚴重特殊傳染性肺炎影響發生營運困難，向經濟部申請並受領營運資金補貼15萬元。甲公司於辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，應申報補助款收入65萬元，因其中受領營運資金補貼15萬元免納所得稅，應依商業會計法第34條及商業會計處理準則第36條規定帳列營業外收益，於申報營利事業所得稅時，再將該筆15萬元補助款帳外調整減列，以計算課稅所得額及應繳納之營利事業所得稅。