為促進產業創新及中小企業研發創新，產業創新條例第10條及中小企業發展條例第35條第1項規定，公司、有限合夥事業及中小企業從事研究發展活動之支出符合規定者，得選擇「於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額」或「於支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額」二擇一採用，一經擇定即不得變更，申報抵減稅額以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限。
公司或有限合夥事業及中小企業可視其當年度營利事業所得課稅情形，選擇有利之抵減方式，例如：當年度課稅所得額申報為虧損者，可選擇按當年度研究發展支出金額10%，抵減當年度起3年內之各年度應納營利事業所得稅額，雖抵減率較低，但可遞延至以後兩年度抵減。為避免重複租稅優惠，公司或有限合夥事業及中小企業如同時符合產業創新條例第10條及中小企業發展條例第35條第1項研究發展支出適用投資抵減之規定，亦僅能擇一適用，結算申報時請注意前揭相關規定，以免影響適用租稅優惠之權益。