公司組織之營利事業其會計年度為曆年制者，其109年度暫繳申報期間自109年9月1日至同年9月30日止，按其108年度結算申報營利事業所得稅應納稅額之二分之一為暫繳稅額，自行向國庫繳納，惟暫繳稅額在新臺幣2,000元以下者，得免辦理暫繳申報及免繳納暫繳稅額。
營利事業若未以投資抵減稅額、行政救濟留抵稅額及扣繳稅額抵減暫繳稅額者，於自行向國庫繳納暫繳稅款後，得免辦理暫繳申報。若係以抵繳暫繳稅額或採試算暫繳者，得於申報期間屆滿前透過申報軟體申報並上傳相關附件資料，如未以申報軟體上傳附件資料，其紙本文件應於109年10月9日前將應檢附之證明文件寄交所在地之國稅局分局或稽徵所。
本年度營利事業如因嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情 影響，於嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例施行期間（109年1月15日至110年6月30日），有經中央目的事業主管機關依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條第3項授權訂定之辦法，提供紓困相關措施，或其他因疫情影響，致短期間內營業收入驟減情形（例如自109年1月起任連續2個月，其平均營業額較108年12月以前6個月或前1年同期平均營業額減少達15%）者，可於辦理109年度暫繳申報期間內，檢具申請書及相關證明文件，向該管稽徵機關提出申請免辦理109年度營利事業所得稅暫繳。惟於辦理暫繳申報期間開始前，已因受嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響而依財政部相關釋令申請並經核准延期或分期繳納營利事業所得稅、營業稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅稅額者，或已申請並經核准退還營業稅溢付稅額者，免再提出申請。該申請書可至財政部網站之「因應嚴重特殊傳染性肺炎專區/稅務協助度難關/申請書表」項下下載使用。
營利事業可至財政部稅務入口網之電子申報繳稅服務項下，列印附條碼之繳款書，持向金融機構繳納；若自行繳納稅額在2萬元以下(自109年9月16日起，提高稅款限額為每筆3萬元以下)，亦可持自行列印附條碼之繳款書至便利商店以現金繳納，省時又方便，而且免負擔手續費。