全球化浪潮下，個人或企業跨國經濟活動之所得可能面臨重複課稅風險，納稅義務人如遇所得稅協定解釋及適用爭議、擬申請關係企業移轉訂價相對應調整或雙邊預先訂價協議，得依協定之「相互協議程序」(Mutual Agreement Procedure, MAP)規定，申請由雙方主管機關協商，發揮所得稅協定效益。
我國簽署生效33個所得稅協定均訂有「相互協議程序」條文，財政部亦訂定「適用所得稅協定相互協議程序作業要點」，建立標準化作業程序。納稅義務人有前段所述情形，得敘明理由、檢具文件向我國主管機關(該部國際財政司)提出MAP申請，我國主管機關將與協定夥伴國主管機關積極溝通、致力解決問題。
我國依經濟合作暨發展組織(OECD)防止稅基侵蝕及利潤移轉(BEPS)行動計畫14「提升爭議解決機制之效率」同儕檢視文件有關MAP統計之規定，自108年起，每年於財政部網頁發布MAP案件有關「利潤分配或歸屬案件」及「其他案件」之結案統計；至雙(多)邊預先訂價協議部分，雖非OECD要求統計項目，為提升資訊透明，財政部亦同步發布相關統計表，由該表可知我國與經貿密切國家之協定陸續生效後，MAP申請案件(尤其雙邊預先訂價協議)數量呈顯著增加趨勢，顯示跨國企業集團善用此一機制，提升租稅確定性，降低稅務查核風險。
MAP案件所涉稅額通常較高，雙方主管機關多需投入相當人力與時間以達成決議。97年迄今我國與11個協定夥伴國(包括日本、荷蘭及英國等)主管機關進行34件相互協議案件，目前辦結20件，包括我國稅捐稽徵機關認為締約他方主管機關就受控交易進行移轉訂價調整合理，即單方同意進行相對應調整；輔導納稅義務人補提居住者證明俾適用優惠扣繳稅率等，累計消除爭議稅額達新臺幣1.7億餘元，有效解決納稅義務人跨國所得稅重複課稅問題。
透過MAP解決所得稅協定爭議已為國際共識，雙方主管機關直接交換意見可提升解決爭議之彈性及效率，籲請納稅義務人善用此機制保障自身權益。有關相互協議程序相關資訊(包括法規、申請書表、流程圖及統計資訊)，登載於財政部網站相互協議程序專區(路徑：財政部首頁>服務園地>國際財政服務資訊>相互協議程序)，歡迎瀏覽運用。