為避免雙重課稅，我國積極與他國洽簽所得稅協定，以促進國際合作及貿易往來。我國與捷克簽署之所得稅協定已於109年5月12日生效，將自110年1月1日開始適用，係我國簽署的第33個全面性所得稅協定。他方締約國之企業於協定開始適用後，如有取自我國境內之營業利潤欲依所得稅協定申請減免所得稅者，可備妥相關文件，向稽徵機關申請核准減免所得稅。
他方締約國之企業在我國境內從事營業項目之營業行為所獲取之營業利潤應課徵所得稅，但依所得稅協定有關營業利潤規定應減免所得稅者，應依「適用所得稅協定查核準則」第13條之規定，檢附他方締約國稅務機關出具之居住者證明、在我國境內無常設機構或未經由我國境內之常設機構從事營業之相關證明文件及所得相關證明文件，向給付人所在地之稽徵機關申請核准減免所得稅。惟當該企業應由其在我國境內之固定營業場所辦理結算申報，或由其營業代理人申報納稅，得於申報時檢附前述文件，併同申請適用所得稅協定，由稅捐稽徵機關核定其減免稅之所得額。
他方締約國之企業取自我國境內之營業利潤欲申請適用所得稅協定減免所得稅者，應審視是否符合營業利潤免稅之要件，若符合相關條件，可備妥申請書，並檢附合約書（含中文譯本）影本、他方締約國稅務機關出具之居住者證明正本、授權書正本及所得相關證明文件等，向給付人所在地之稅捐稽徵機關申請。相關申請書表可至網站(網址：https://www.ntbt.gov.tw/主題專區/稅務專區/營利事業所得稅/所得稅協定專區/所得稅協定相關申請書表)下載。