營業人如取得海關退還進口貨物溢繳之營業稅，應於退稅當期(月)申報扣減進項稅額。
營業人進口貨物，由海關代徵之營業稅額已依法申報扣抵銷項稅額者，嗣後若經海關核定退還溢繳之營業稅，其與營業人因進貨退出或折讓而收回之營業稅性質相同，均屬進項稅額之減少。依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第15條第2項後段規定，應於發生進貨退出或折讓之當期申報扣減進項稅額。因此，營業人應於取得海關退稅款之當期，自行填寫「海關退還溢繳營業稅申報單」申報扣減進項稅額。
【舉例說明】甲公司109年1月初進口貨物一批並繳納海關代徵之營業稅新臺幣（下同）5萬元，於109年3月13日申報1-2月營業稅時，已憑「海關代徵營業稅繳納證扣抵聯」扣抵銷項稅額5萬元；嗣甲公司因該進口報單申報價格錯誤向海關申請更正，於109年6月5日取得海關核退溢繳營業稅額1萬元，甲公司應於109年7月15日前申報109年5-6月營業稅時，自行填寫「海關退還溢繳營業稅申報單」自當期進項稅額中扣減1萬元。
營業人取得前開退稅款項，若漏未於當期申報之進項稅額中扣減，如經他人檢舉或經稽徵機關查獲，將依營業稅法第51條第1項第5款規定以虛報進項稅額處罰，提醒營業人注意。