會計師代理營利事業於109年6月30日前完成採用網際網路辦理108年度營利事業所得稅結算申報及107年度未分配盈餘申報並繳納稅款者，其查核簽證報告書，應於109年7月31日前〔今年因受嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)影響，提示截止日展延至7月31日〕送交所在地國稅局所轄分局、稽徵所或服務處；或於109年7月30日前，透過營利事業所得稅電子結(決)算申報繳稅系統軟體上傳送交。
會計師代理營利事業所得稅結算申報查核簽證案件，倘未能如期提出查核簽證報告書，將視為普通申報案件，無法適用所得稅法第39條盈虧互抵之規定，亦無法享有較高之交際費列報限額。會計師查核簽證報告書如透過營利事業所得稅電子結(決)算申報繳稅系統軟體上傳送交，附件上傳時請仔細審視上傳檔案內容是否與附件類別相符及有無漏頁缺頁情形。例如甲公司申報案件卻誤上傳乙公司會計師查核簽證報告書，或是上傳檔名為會計師查核簽證報告書，實際內容卻為其他類別附件等內容不符之情形，如有前述上傳檔案內容不符或缺漏，均屬會計師查核簽證報告書檔案未完成上傳之情形，該會計師簽證案件將視同普通申報案件處理。