經營學校委託辦理學生及教職員工餐點，且該等餐點之銷售價格受教育主管機關監督或由教育主管機關全額編列預算支應（即免費營養午餐）之營業人(下稱營養午餐營業人)，倘有銷售非屬營養午餐之貨物或勞務（下稱兼營其他業務），且該部分之銷售額未達使用統一發票銷售額標準新臺幣(下同)20萬元者，依財政部109年2月26日台財稅字第10804641680號令釋（下稱109年2月26日號令）規定，得由稽徵機關依「營業稅特種稅額查定辦法」規定，查定全部銷售額；如該部分銷售額達使用統一發票銷售額標準，應自稽徵機關核定使用統一發票當期，連同經營學校營養午餐部分之全部銷售額，依法開立統一發票報繳營業稅。
營養午餐之銷售價格受地方教育主管機關監督，業者無法將物價上漲而增加之成本真實反映於銷售價格，以致經營學校師生餐點之業者，與一般自由競爭市場之其他業者容有差異，是考量營養午餐之特殊性，財政部乃以100年4月29日台財稅字第10000122850號令及102年8月26日台財稅字第10200609990號令釋規定，「專營」營養午餐者為營業性質特殊營業人，稽徵機關按營業稅特種稅額查定辦法規定查定銷售額得不受使用統一發票標準之限制。惟營養午餐營業人基於產能閒置及商業上考量，偶有提供餐點供學校學生及教職員工以外人員或學校活動範疇外使用之情形。因此，為兼顧實務及配合政府推動營養午餐政策，財政部發布109年2月26日號令規定，經營營養午餐之營業人若有兼營其他業務，得由稽徵機關依該營業人兼營其他業務部分之銷售額，是否達20萬元為標準，據以核定該營業人應適用稅率及課稅方式。
營養午餐營業人兼營其他業務部分之銷售額，倘已達使用統一發票銷售額標準，經稽徵機關核定使用統一發票者，營業人應連同經營學校營養午餐部分之全部銷售額，併同開立統一發票並依法報繳營業稅，以免影響自身權益。