納稅義務人已依規定辦理綜合所得稅結算申報，如有漏報或短報所得情事，應處以所漏稅額2倍以下之罰鍰；惟依「稅務違章案件減免處罰標準」規定，納稅義務人依規定向財政部財政資訊中心或稽徵機關查詢課稅年度所得及扣除額資料，並憑以透過「網際網路」辦理結算申報，其經調查核定短漏報的課稅所得，屬前開機關依規定應提供而未能提供的所得資料，免予處罰，惟應注意其所得稅申報尚須符合網路申報的要件。
【舉例說明】甲君於107年12月自A公司領取員工酬勞金50萬餘元，因A公司疏失，未如期彙報國稅局薪資所得扣繳憑單，嗣甲君於辦理107年度綜合所得稅結算申報期間，至國稅局查調所得資料時，所得資料參考清單上未列該筆酬勞金，甲君誤認無該筆所得而未申報，致生漏報所得50萬餘元，惟甲君採人工填寫申報書辦理綜合所得稅結算申報，並非透過網際網路辦理申報，是無稅務違章案件減免處罰標準免罰規定之適用。
以網路辦理綜合所得稅結算申報方便、省時好處多，如已利用憑證(例如自然人憑證、已註冊之健保卡)下載或至國稅局查調所得並利用網路申報，如有漏報稽徵機關應提供而未提供資料的所得，可補稅而免予處罰；若採用其他方式申報，請自行檢視是否正確申報，如因疏忽短漏報，其在未經稽徵機關進行調查或經人檢舉前，自動補報補繳稅額並加計利息，亦可免受處罰。