108年度綜合所得稅結算申報期間自109年5月1日起至6月30日止，為提供民眾正確報稅觀念，特彙整綜合所得稅結算申報應注意事項，說明如下（詳附表）：
一、所得額：
稽徵機關提供查調所得之範圍，大致為各類所得扣繳暨免扣繳憑單、股利憑單等，納稅義務人應就查詢、下載之所得資料，與申報內容盡審查核對之責，如對所得有疑義，應向扣繳單位確認；如有非查調範圍之所得（如：非屬扣繳範圍之所得、大陸地區所得、海外所得等），仍應自行申報。另提醒注意下列事項：
（一）薪資收入就薪資所得特別扣除額（108年度為20萬元）或必要費用擇一減除，減除後的餘額為薪資所得。採減除必要費用者，以減除符合規定之職業專用服裝費、進修訓練費及職業上工具支出等3項費用為限。
（二）受扶養親屬如有所得應合併申報。
（三）退職所得應按扣繳暨免扣繳憑單所載給付總額申報，勿再重複減除按服務年資計算免計入所得額之金額。
（四）有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得申報。
（五）全年海外所得100萬元以上或其他特定項目者，請注意應依所得基本稅額條例規定申報基本所得額。
二、免稅額：
（一）109年度登記結婚之配偶，不可合併申報108年度綜合所得稅。另自108年5月24日起同性伴侶可以向戶政機關辦理結婚登記，因此在108年度辦理結婚登記的同性伴侶，可選擇與配偶分開或合併辦理108年度綜合所得稅結算申報。
（二）納稅義務人列報扶養其他親屬（如伯、姪、孫、甥、舅等），該親屬應合於民法第1114條第4款及第1123條第3項規定「互負扶養義務」及「同居一家」之家長家屬關係，未滿20歲，或滿20歲以上而因在校就學、身心障礙或無謀生能力，且確係受納稅義務人扶養者。
三、扣除額：
（一）捐贈扣除額：安太歲、點光明燈等非屬捐贈性質，不得列報扣除。
（二）政治獻金捐贈：具選舉權的個人對同一擬參選人每年捐贈總額不得超過10萬元；對政黨的捐贈，該政黨105年度立法委員選舉得票率須達1%，新成立之政黨，以109年度立法委員選舉的得票率為準。每一申報戶對政黨、政治團體及擬參選人捐贈之扣除總額不得超過申報戶當年度申報綜合所得總額20%，其金額並不得超過20萬元。
（三）保險費扣除額：須為「直系」受扶養親屬之人身保險費。非屬全民健康保險之保險費，要保人與納稅義務人必須同一申報戶，且每位被保險人每年扣除數額以2萬4千元為限。
（四）醫藥及生育費扣除額：必須是針對疾病接受治療支付之費用，且付與公立或全民健康保險特約醫療院所，始得列報扣除。非健保特約醫療院所出具之醫療費收據及非屬醫療性質之醫美、坐月子費用、看護費用等，都不可列報扣除。
（五）購屋借款利息扣除額：納稅義務人、配偶及受扶養親屬購買自用住宅向金融機構借款的利息支出，房屋須登記為本人、配偶或受扶養親屬所有，且無出租、供營業或執行業務使用，並於課稅年度辦竣戶籍登記。另外，增貸非供購屋之借款利息，不得列報。
（六）教育學費特別扣除額：納稅義務人申報扶養就讀大專以上院校「子女」之?育學費。但就讀國內、外及大陸地區學校未經教育部認可者（如國外語言學校）不適用之。
（七）長期照顧特別扣除額：符合衛生福利部公告「須長期照顧之身心失能者」，每人可定額減除12萬元，且訂有排富條款，適用稅率在20%以上、股利及盈餘按28%分開計算或基本所得額超過670萬元者，不得列報。
（八）列報重購自用住宅扣抵稅額，納稅義務人、配偶或直系親屬應於該地址辦竣戶籍登記，且於出售前1年內無出租或供營業使用之房屋，始得列報。另該「直系親屬」不以受納稅義務人扶養為限。
四、採網路申報方式，應注意須執行「申報資料上傳」完成申報：
利用綜合所得稅電子結算申報繳稅系統辦理申報時，於選擇行動支付繳稅、轉帳扣款、信用卡或晶片金融卡繳稅後，要執行「申報資料上傳」動作，並確認出現「上傳申報成功」之訊息畫面，才算完成申報程序。另申報系統產出之「檢核用計算表」僅供檢視申報資料及計算結果，非完成申報紀錄。