108年度所得稅結算申報已於109年5月1日開始，因應嚴重特殊傳染性肺炎申報截止日展延至6月30日，防疫期間避免人潮群聚，營利事業及教育、文化、公益、慈善機關或團體(下稱機關團體)只要下載網路申報軟體並申請網路申報身分認證，即可透過網路完成所得稅申報及繳納。
108年度營利事業所得稅電子結（決）算申報繳稅系統軟體（即網路申報軟體），已放置於財政部電子申報繳稅服務網站（網址：https://tax.nat.gov.tw）首頁/非個人稅/營利事業所得稅項下，包含營利事業所得稅電子結（決）算申報繳稅系統電子申報程式(PIA)、股東股份轉讓媒體申報（下稱媒申）審核程式、投資人明細媒申審核程式、設備或技術投抵媒申審核程式、公司員工取得獎酬員工股份基礎給付選擇延緩繳稅或緩課媒申審核程式、以技術或享有所有權之智慧財產權作價入股選擇延緩繳稅或緩課媒申審核程式，或營利事業所得稅電子結算申報繳稅系統(機關團體)電子申報程式(PIO)等申報軟體。
營利事業可依下列2種憑證方式擇一申請網路申報身分認證，即可透過網路辦理108年度營利事業所得稅結算申報：
一、簡易電子認證方式：由財政部電子申報繳稅服務網站點選常用服務∕「密碼申請」，輸入營利事業統一編號及負責人、代表人或管理人身分證統一編號後，依序鍵入相關資料完成密碼申請。
二、電子憑證認證方式：營利事業向經濟部工商憑證管理中心(網址：https://moeaca.nat.gov.tw)申請工商憑證IC卡，或機關團體向國家發展委員會XCA組織及團體憑證管理中心(網址：https://xca.nat.gov.tw)申請留有統一編號資訊之組織及團體憑證IC卡。
因應部分營利事業及機關團體受嚴重特殊傳染性肺炎影響無法一次繳納自繳稅款，有申請延期或分期繳納營利事業所得稅之需求，本年度電子申報程式新增連結申請稅款延期或分期繳納之功能，只要在辦理結算申報資料上傳成功後，點選繳納方式時，選取非線上繳稅，再點選「申請延期或分期繳稅」，連結至財政部稅務入口網，填寫資料並提供相關證明文件上傳，即可透過軟體線上完成申請延期或分期繳納。