為激勵中小企業導入自主研發創新以提升企業之競爭力，凡依法辦理公司登記並合於中小企業認定標準第2條所定基準且最近3年未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之中小企業，其研究發展支出經中央目的事業主管機關依其專業認定研究發展事實符合「一定創新程度」者，經國稅局審理相關支出、金額後，可抵減營利事業所得稅。
【舉例說明】A公司106年度營利事業所得稅結算申報，列報符合中小企業發展條例規定之研究發展支出16,000,000元，可抵減稅額1,600,000元。因其所列報之7項研發計畫，經中央目的事業主管機關經濟部工業局(以下簡稱工業局)認定其中4項符合中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法(以下簡稱投資抵減辦法)第2條所稱具有「一定創新程度」，依A公司符合創新高度之4項計畫，審理其提示之憑證及證明文件，核認研究發展支出9,000,000元及可抵減稅額900,000元，並就未符合創新高度3項計畫之研究發展支出予以否准。A公司不服申請復查，主張系爭3項計畫均屬開發新產品之生產程序及開發新原料所從事之研發活動，確屬創新研究，請重新認定云云，經該局將復查階段A公司檢附之資料，再函請工業局審認，工業局函復仍認定不符合「一定創新程度」，遂以系爭研究發展支出非屬投資抵減辦法所定租稅獎勵之範疇，自不得享受當年度抵減營利事業所得稅之租稅優惠，復查決定仍維持原核定， A公司續提起訴願，亦遭駁回而確定。
營利事業列報研究發展支出申請適用投資抵減稅額，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請投資抵減支出項目有關之文件，向中央目的事業主管機關申請審認，倘該機關審認不符合投資抵減辦法之「一定創新程度」，租稅上即無投資抵減之適用。