營利事業在申報所得基本稅額時，如果出售持有期間滿3年以上屬所得稅法第4條之1規定的股票，證券交易所得可以半數計入基本所得額。
依所得基本稅額條例第7條規定，營利事業之基本所得額為依所得稅法規定計算的課稅所得額，再加計(1)停止課徵所得稅的證券及期貨交易所得(以下稱停徵之證券及期貨交易所得)、(2)合於獎勵規定的免稅所得、(3)國際金融（證券、保險）業務分行（分公司）免稅所得、(4)依中小企業發展條例第36條之2第1項及第2項規定，增僱本國籍員工的薪資費用加成減除金額(優惠適用期間至107年5月19日已屆期)、(5)依產業創新條例第12條之1第1項規定，智慧財產權讓與或授權收益範圍內的研究發展支出加倍減除金額。
為鼓勵長期投資，針對出售持有滿3年以上停止課徵所得稅之股票（以下稱長期持有股票），同條例第7條第3項及其施行細則第5條第7項訂有優惠的課稅規定，營利事業於計算停徵之證券及期貨交易所得時，倘當年度停徵之證券及期貨交易所得減除以前年度停徵之證券及期貨交易損失後餘額為正數，該餘額在出售長期持有股票之證券交易所得範圍內，以半數計入，超過部分，以全數計入，並以其合計數作為基本所得額之加計項目；倘當年度停徵之證券及期貨交易所得減除以前年度停徵之證券及期貨交易損失後餘額為負數，該負數不予計入。該局列舉4種情況（詳如附表）的計算方式供納稅義務人參考。
營利事業如有所得基本稅額條例第7條所規定應計入基本所得額的所得時，於辦理結算申報時應填寫營利事業所得基本稅額申報表，計算基本稅額與一般所得稅額的差額，如基本稅額大於一般所得稅額時，除繳納一般所得稅額外，尚須繳納該差額。