公司遇有解散、廢止、合併或轉讓情事時，應於截至解散、廢止、合併或轉讓之日起45日內，辦理決算申報並自行繳納稅款；至於清算期間之清算所得，應於清算結束之日起30日內，辦理清算申報並自行繳納稅款，如未依規定期限申報當期決算所得或清算所得，稽徵機關將依查得資料核定所得額及應納稅額。
該局進一步說明，公司辦理決算申報之時限，應於主管機關核准解散、廢止、合併或轉讓之「文書發文日」次日起算，如公司係經主管機關依法撤銷登記，則以主管機關撤銷登記處分書「送達日」之次日起算；至於清算申報時限，應以實際辦理清算完結之日起算，但清算人未於就任之日起6個月內清算完結，亦未報經法院核准展期，則以6個月期間屆滿之日起算。
辦理所得稅決、清算申報時，應依所得稅法相關規定如期申報，如逾期申報，縱經會計師查核簽證且會計帳冊簿據完備，亦不適用所得稅法第39條有關前10年核定虧損之扣除，是請營利事業注意申報期限，以維護自身權益。